主要有四大方面：
1、设立手续不同
在外地创办独立核算子公司，需要办理许多手续，设立程序复杂，开办费用也较大，而设立分公司的程序比较简单，费用开支较少；
2、核算和纳税形式不同
子公司是独立核算并独立申报纳税，当地税务机关比较喜欢，而分公司不是独立法人，由总公司进行核算盈亏和统一纳税，如有盈亏，分公司和总公司可以相互抵扣后才交纳所得税。
3、税收优惠不同
子公司承担全面纳税义务，分公司只承担有限纳税义务。子公司是独立法人可以享受免税期限、优惠政策等在内的各种优惠政策；而分公司作为非独立法人，则不能享受这些优惠政策。
4、法律责任承担不同
子公司具有法人资格，可以独立承担民事责任，这是子公司与分公司的重要区别。分公司会成为被告，但判决以后一旦进行赔付肯定是由母公司赔付，因为分公司不能独立承担法律责任，最后赔偿是由母公司赔偿；子公司则不然，子公司是独立法人资格，可以独立承担法律责任。所以从全球来看的话，但凡风险较大的，以后可能需要独立承担风险，要分割法务，不至于引火烧身的这类业务，集团哪怕会因此交更高的税，都会独立设置子公司，这也是一个风险防范机制和安全机制。
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